保護対策室
現在、コウモリはイメージの悪さといった誤解や偏見により、なかなか顧みられることがありません。しかし、彼らもれっきとした野生動物、地球の一員なのです。東洋蝙蝠研究所は、そうしたコウモリのいる自然、環境の保全をめざすことを目的として、生態の研究や保護活動の実行といった事業をおこなっています。
こうもり人工洞
人工洞穴構造の環境を把握し、改変による影響をしらべることで、洞穴棲コウモリの生活空間確保を目指す研究をおこなっています。
ヨーロッパ型バットボックス
バットボックス(コウモリ用巣箱)の研究をおこない、スピードの速い森林消失の緊急避難的な対策法を探しています。
バットハウス
大規模バットボックスとしてのバットハウス建設により、ねぐら確保をおこない、個体群保持を実施しています。
長野県にある乗鞍高原バットハウスについても、協力をおこなっています。

樹洞促成
コウモリが住める樹が多い森がいささかでも早くできるようにと、「22世紀の森作り」を合い言葉に実際の森林の中で研究と行動をおこなっています。
飛翔ルート保全と植生回復
保護問題がある場所では独自に現況調査と生息地保全を探る研究を進めています。緊急調査が必要な時に出動できる体制を心がけています。
西表は次回の現地調査を2005年10月に予定しています。
傷害個体の保護
奈良研究所のコウモリリハビリ室では、保護個体を野生復帰に向けて生活訓練するほか、回復不能な障害がある個体の飼養をおこなっています。
人工物の影響測定
野鳥の衝突が問題となっている風力発電ですが、他分野と協力して野生生物保護の研究や情報交流を開始しました。
コウモリ保護関係の掲示板